1995. november 21-én az amerikai Daytonban Jugoszlávia, Horvátország és Bosznia vezetői keretmegállapodást kötöttek, amely lezárta a boszniai háborút. Ennek folyományaként Bosznia-Hercegovinát két, nagy önállóságot élvező úgynevezett entitásra osztották: a terület 51 százalékát kitevő, bosnyákok és horvátok lakta Bosznia-hercegovinai Föderációra és a többségében szerbek lakta boszniai Szerb Köztársaságra. A bosnyák-horvát föderáció további részekből, kantonokból áll. A daytoni szerződés alapján a két entitásnak külön kormánya, parlamentje és alkotmánya is van, és képviseltetik magukat a szövetségi szintű hatalmi intézményekben.
1995-ben ugyan sem a horvát, sem a bosnyák, sem a szerb fél nem volt elégedett a daytoni békeszerződésben foglaltakkal, Balsa Spadijer, a tárgyalásokon részt vevő szerb küldöttség tanácsadója szerint húsz év távlatából is ez a megoldás tűnik a legelfogadhatóbbnak. A szerbiai közszolgálati televízió összefoglalójában Spadijer úgy fogalmazott: mára megváltozott a világpolitika, és nehéz lenne kitalálni, hogy egy hasonló szerződés most milyen megoldásokat eredményezne, az Egyesült Államokat ugyanis már nem érdekli annyira a balkáni térség, mint húsz évvel ezelőtt, és a Szovjetunió is már túl régen szűnt meg ahhoz, hogy világhatalomként, saját érdekeit szem előtt tartva, elősegíthesse az aláírást.
A szakértő szerint a megállapodás legnagyobb érdeme, hogy mindhárom érintett népcsoport, a szerb, a horvát és a bosnyák is ugyanolyan jogokat kapott, és Bosznia-Hercegovinában egyetlen döntést sem lehet meghozni addig, amíg nincs közöttük egyetértés.
Ivo Viskovic, a Belgrádi Egyetem politikatudományi karának tanára szerint a megállapodás ugyan békét hozott a térségbe, de nem váltotta be a hozzá fűzött reményeket, amelyek a békés egymás mellett élést voltak hivatottak megújítani. "Ezt nem várhatták el egy megállapodástól az ennyire véres háborúk után" - tette hozzá. Mint mondta: azért volt nehéz felosztani Bosznia-Hercegovinát, mert sehogyan sem lehetett olyan határokat húzni, amelyek mindenki számára megfeleltek volna, és a népcsoportok áttelepítése sem volt lehetséges. Viskovic a háború után létrejövő Bosznia-Hercegovinát a kilencvenes évekre jellemző nacionalizmus áldozatának, "járulékos kárának" nevezte.
A daytoni megállapodásnak a társadalom szempontjából mára nézve súlyosabb következményei vannak, mint amilyen közvetlenül a háború után voltak érezhetők - állapította meg Sinisa Tatalovic, a Zágrábi Egyetem politikatudományi karának tanára. Szerinte a háború után az emberek újra felvehették egymással a kapcsolatot, mert a korábbi közvetlen viszony még megmaradt, míg az azóta eltelt húsz évben felnőtt generációk már szinte egymástól elválasztva, három népcsoportra osztva, zárt közösségben élnek.
Vehid Sahic, egy boszniai társadalom - és politikatudománnyal foglalkozó civil szervezet vezetője szerint Bosznia-Hercegovina nem önálló állam, a daytoni megállapodás óta ugyanis van egy nemzetközi főképviselője.
A nemzetközi közösség boszniai főképviselője azonban nem tudja megoldani sem a túlságosan felduzzadt államapparátus, sem a döntésképtelen vezetők problémáit. Az egyik legnagyobb "bénító" tényező az úgynevezett Sejdic-Finci-ügy, amelyben évek óta nem történt előrelépés.
Dervo Sejdic és Jakob Finci boszniai roma, illetve boszniai zsidó férfi 2006-ban az Emberi Jogok Európai Bíróságához fordult azzal a panasszal, hogy országuk alkotmánya másodrendű állampolgárnak minősíti őket. Az alkotmány ugyanis megkülönbözteti a három "államalkotó" népcsoportot, a bosnyákokat, a horvátokat és a szerbeket, valamint az "egyéb" népcsoportokat. Azok, akik nem az államalkotó népcsoport tagjai, nem kerülhetnek be a törvényhozásba. A strasbourgi bíróság 2009-es ítéletében Sejdicnek és Fincinek adott igazat, az EU pedig azt várja Bosznia-Hercegovinától, hogy törölje el a diszkriminációt.
A működésképtelen államapparátus problémáit pedig tovább súlyosbítja, hogy Milorad Dodik, a boszniai Szerb Köztársaság elnöke minden alkalmat megragad arra, hogy országrésze függetlenedése mellett szólaljon fel, ha pedig ez megtörténne, akkor a daytoni megállapodás érvényét veszítené, és légüres tér alakulhatna ki a boszniai politikában.